可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。

因建房发生纠纷的，双方之间协商不成的，可以申请当地乡级人民政府处理，涉及土地纠纷的，也可以申请县级以上人民政府处理。

其实农村土地纠纷问题，原则上属于一般的民事纠纷，可以找以下部门依法处理：

1、村委会或镇、乡政府，或者县政府土地管理部门调解处理；

2、可以找土地管理部门进行确权申请；

3、可以向法院提起诉讼；

4、其他部门。

一、如何避免工程纠纷的发生

1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。

2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80%以上存入银行，专款专用。

3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导。

4、严格进行工程变更把关，严禁通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，对必须变更的，应先做工程量和造价增减分析。

5、加强隐蔽工程的检查验收，完善隐蔽工程现场签证手续。

6、及时解决工程中的索赔问题。

7、结算时，力争不漏算，不错套定额，不乱取费，并委托具有资质的造价咨询机构进行结算、委托资深望重的造价工程师主持结算工作。

8、进一步规范业主、承包商、政府行政管理部门的行为。严格进行工程变更把关，严禁通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，对必须变更的，应先做工程量和造价增减分析。