合作建房房屋的产权归属，是一个容易引发纠纷的问题。在房地产开发行业中，取得建筑物原始产权的一个通行规则是“谁建筑，谁取得房屋所有权”，而判断该房屋是谁建造的，不是看该房屋由谁施工，而是看谁获得施工许可证，即谁是施工许可证上的权利主体。通常情况下，只有施工许可证上记载的主体才能办理房产初始登记，获得房屋的原始产权。

在合作建房合同中，合作建房各方通常可以作出以下情形的约定：

一、以提供土地使用权一方的名义领取施工许可证，由其办理房屋产权的初始登记，取得房屋的原始所有权。之后，再按合作建房的约定处理。

二、以提供资金一方的名义领取施工许可证，由其办理房屋产权的初始登记，取得房屋的原始所有权。之后，再按合作建房的约定处理。

三、以合作建房各方的名义领取施工许可证，由各方共同办理房屋产权的初始登记，取得房屋的共有原始所有权。之后，再按合作建房的约定处理。

四、以合作建房各方各自的名义领取施工许可证，由各方各自办理其产权范围内的房屋产权的初始登记，取得其产权范围内的房屋的原始所有权。

上述几种方式，第四种最为可行，成本也最低。