离婚农村自建房可以通过协商确定权属，协商不成的可以提起诉讼确定房屋所有权归属。

农村自建房属于尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋，如果双方协议不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。

《民法典》第1087条

离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；

协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。