一是二者理论高度不同。诉讼标的是整个民事诉讼的根基，是民事诉讼的基础理论。诉讼标的理论长期以来被视为民事诉讼领域的**巴赫猜想，其理论高度可见一斑。民事案由注重实用，它是从人民法院审理民事案件的实践出发，对纷繁杂乱的民事案件进行的分类，由于民事案由的研究还处于初始阶段，其理论体系尚不成熟。案由相比诉讼标更倾向于实际应用，诉讼标的是案由的本质，案由是诉讼标的的外在表现。案由的表述贴近实用，只要正确表达案情的本质即可。但诉讼标的理论博大精深，贯通整个民事诉讼法理论系统，牵一发而动全身，识别诉讼标的是正确确定诉讼当事人、确定民事判决的既判力范围的前提。

二是二者类别划分依据不同：案由是按照民法理论对民事法律关系的分类为基础，结合现行立法及审判实践而分为十大类的，而诉讼标的一般是按照当事人提起诉的终极目的不同而划分为给付之诉、确认之诉与形成之诉。也有按照提出诉的主体不同而分为本诉、反诉和参加之诉的，它的类别划分与实体法联系不大。

三是二者担负的功能不同。诉讼标的理论解决纠纷的识别问题，民事案由是将可诉纠纷的案件加以分类。诉讼标的理论不断向前发展，就是研究纠纷的最小单位，科学界定争议的实质。民事案由则是与民事实体立法齐头并进，将各类可诉纠纷归纳、概括并形成体系。从这一角度看，案由与实体法的联系要比诉讼标的与实体法的关系紧密。