按照相关规定，校车中巴车超载50%，司机扣6分罚款500元的处罚。

根据《道路交通安全法》第92条规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处200元以上500元以下罚款：

超过额定乘员20%或者违反规定载货的，处500元以上2000元以下罚款。货运机动车超过核定载质量的，处200元以上500元以下罚款；

超过核定载质量30%或者违反规定载客的，处500元以上2000元以下罚款。有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。

一、交通事故车辆超载如何理赔

车辆超载，保险公司是否需要赔偿，根据事故的直接原因是不是超载而定。按照保监会原颁发的机动车辆保险条款投保人、被保险人义务中的第25条规定：被保险人及其驾驶员应当做好保险车辆的维护、保养工作，并按规定检验合格；保险车辆装载必须符合《道路交通管理条例》中有关机动车辆装载的规定，使其保持安全行驶技术状态；被保险人不履行规定的义务，保险人有权拒绝赔偿或自书面通知之日起解除保险合同；已赔偿的，保险人有权追回已付保险赔款。

由于没有明确超载和保险事故的因果关系，又没有将因超载而发生的事故列为责任免除的范围，因此发生了不少保险纠纷。超载可以拒赔，但超载并不是一个可以拒赔的万能理由。若是行人违规在先，事故主要责任方是为了避让行人才导致事故发生。超载不能成为保险公司拒赔的理由。

校车超载的情况将对司机做出扣除6分，罚款500元的处罚。如果是因为校车超载造成交通事故，则应该由司机以及相关责任人对受害者进行赔偿，并被追究相关法律责任。最后提醒大家，校车涉及到在校学生的人身安全，不管是校车司机还是校方，都应该对校车安全问题提起全面的重视。