(1)参加诉讼的目的不同。证人参加诉讼的目的是为了履行自己的作证义务，协助人民法院查明案件事实，证人没有自身的利益;行政诉讼第三人参加诉讼的目的不仅仅为了查清案件事实，行政诉讼第三人有自己的利益。

(2)参加诉讼的方式不同。行政诉讼第三人可以由自己申请，也可以由法院依职权通知参加诉讼，也可以由当事人申请法院裁定允许其参加诉讼;证人则只能由法院通知参加诉讼。

(3)诉讼地位不同。行政诉讼第三人有当事人的权利，第三人有权发言、辩论，有权提出与本案有关的诉讼主张，人民法院可以对第三人直接作出判决。对人民法院的一审判决不服，第三人也有权提出上诉;证人没有当事人的权利，只需如实回答所知案情。

(4)与案件的处理结果关系不同。行政诉讼第三人与被诉的具体行政行为有法律上的利害关系，案件的处理结果会对他产生影响;证人与案件的处理结果没有法律上的利害关系，不管被证明的当事人胜诉还是败诉，均都无须承担实体意义上的法律责任。