达到下列标准徇私舞弊抵扣税款罪才能立案：

1、为徇私情或私利，通过伪造材料、弄虚作假等手段，违法抵扣不应抵扣的税款或擅自决定抵扣不应抵扣的税款，给国家税收造成的损失累计达10万元以上的；

2、给国家税收造成的损失累计不满10万元，但存在受贿赂等情节恶劣的情形。

一、(十三)规定：

1、为徇私情、私利，违反法律、行政法规的规定，伪造材料，隐瞒情况，弄虚作假，对不应发售的发票予以发售，对不应抵扣的税款予以抵扣，对不应给予出口退税的给予退税，或者擅自决定发售不应发售的发票、抵扣不应抵扣的税款、给予出口退税，致使国家税收损失累计达10万元以上的；

2、徇私舞弊，致使国家税收损失累计不满10万元，但具有索取、收贿赂或者其他恶劣情节的。

二、违法提供出口退税凭证罪立案标准有哪些

违法提供出口退税凭证罪满足以下标准的，应予立案：

1、徇私舞弊，致使国家税收损失累计不满10万元，但具有索取、收受贿赂或者其他恶劣情节的；

2、为徇私情、私利，违反国家规定，伪造材料，隐瞒情况，弄虚作假，提供不真实的出口货物报关单、出口收汇核销单等出口退税凭证，致使国家税收损失累计达10万元以上的。

三、本罪也它罪的区分

(一)区分罪与非罪的界限

认定徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪与非罪的界限，除认真把握法律对本罪主体、主观方面、客观方面的规定外，还要注意查明是否致使国家利益遭受重大损失。只有致使国家利益遭受重大损失的行为，才构成本罪。对于虽违法办理了发售发票、抵扣税款、出口退税，但被及时发现，没有造成损失的，不以犯罪论处，而应由有关主管部门依法追究其行政责任。

(二)区分本罪写诈骗罪、骗取国家出口退税款罪、偷税罪、非法出售增值税专用发票罪等犯罪的界限

行为人和办理发售发票抵扣税款、出口退税工作中的徇私舞弊行为，往往会在实际上为他人实施诈骗、骗取国家出口退税款、偷税、非法出售增值税专用发票等犯罪起到帮助作用，因此，必须注意划清本罪与这些犯罪的界限，其关键在于查明行为人主观上是否与这些犯罪分子具有共同的犯罪故意。如果查明行为人主观上与诈骗、骗取国家出口退税款等犯罪分子具有共同犯罪的故意而相互勾结，那么，其在客观上所实施的非法办理发售发票、抵扣税款、出口退税行为就属于诈骗、骗取国家出口退税款等犯罪的帮助犯，应当以这些犯罪的共犯定罪处罚，而不再按本罪处罚。