1、退回补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限

2、对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。也就是说，案件经过一次补充侦查，人民检察院认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定;如果经过两次补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的人民检察院应当作出不起诉决定。

3、人民检察院对已经退回公安机关二次补充侦查的案件，在审查起诉中又发现新的犯罪事实，应当移送公安机关立案侦查;对已经查清的犯罪事实，应当依法提起公诉。

一、证据不足不予起诉申诉期限是多久

一般情况下，被害人可以在收到不起诉决定书之日起七日内向上一级检察院提出上诉。在经过人民检察院审查后，案件证据不足的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。如果第二次的补充侦查，检察院还是认为证据不足，不符合起诉条件的，应该作出不起诉决定。经过公安机关侦查，结束的案件应该要做到犯罪事实清楚，证据确实。

二、拒不认罪犯罪证据又不足怎么判决

犯罪嫌疑人不认罪，并且犯罪证据又不足的，侦查机关可以补充侦查，如果补充侦查后证据还是不足的，作出不起诉决定。根据《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。