一、检察院存疑不起诉后如何处理？

存疑不起诉后应该释放当事人，人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、行政处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第一百七十八条不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。

第一百七十九条

对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达公安机关。公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。

第一百八十条

对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。

二、存疑不起诉的情形

(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。

人民检察院对此种情形下的犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，必须同时具备上述两个条件。

根据《人民检察院刑事诉讼规则》第三百六十八条具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

(一)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

(二)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

(三)据以定罪的证据之间、证据与案件事实之间的矛盾不能合理排除的；

(四)根据证据得出的结论具有其他可能性，不能排除合理怀疑的；

(五)根据证据认定案件事实不符合逻辑和经验法则，得出的结论明显不符合常理的。