公司股权变更程序协议应注意以下几点：

1、签订股权变更协议的主体；

2、股东会或其他股东的决议或意见；

3、对前置审批程序的关注；

4、明晰股权结构；

5、股权变更协议受让人应认真分析受让股权所在公司的经营状况及财务状况；

6、股权变更协议受让人应尽量了解所受让股权的相关信息，以确定是否存在瑕疵；

7、股权变更协议应要求合同相对方作出一定的承诺与保证；

8、股权变更协议应及时办理工商变更登记手续。

公司股权变更的具体流程

公司股权变更的具体流程为以下：

1、领取《公司变更登记申请表》（工商局办证大厅窗口领取）

2、变更营业执照（填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理）

3、变更组织机构代码证（填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理）

4、变更税务登记证（拿着税务变更通知单到税务局办理）

5、变更银行信息（拿着银行变更通知单基本户开户银行办理）

《中华人民共和国民法典》

第五百四十三条当事人协商一致，可以变更合同。

第五百四十四条当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。