豆腐和豆浆是富含蛋白质的食品。蛋白质是细菌的良好的培养基，一旦加工过程中杀菌不彻底，或受到污染，细菌在营养丰富的豆制品中会以成倍的速度迅速地繁殖，这就对人体健康产生严重的损害，从而食入后会引起食物中毒。

如果豆腐和豆浆放置在温度较高的环境，时间一久就极易腐败。一般在常温下也不易久存。夏季最好当天食用，春、秋、冬季最好也不要超过3天。

工业化生产的盒装豆腐在2～8℃下，可保质7天，工业化生产的袋装(复合薄膜)豆腐在5～10℃下。保质期为3天。