根据我囯现行相关法规的明确规定，基本农田只应被用于农业耕耘等基本农业用途，不得擅自变更其使用性质进行其他非农建设活动，如修建养殖场等。

若有人违反国家规定，擅自在基本农田内建设侵占耕地的养殖场所，对其必须依法追究相应的行政责任或刑事责任。

至于基本农田保护区，它主要是作为针对基本农田实施特别保护之目的而根据土地利用整体规划设定并依循法定程序进行确认的特定保护区域。

《畜禽规模养殖污染防治条例》第二十七条

县级以上地方人民政府在组织编制土地利用总体规划过程中，应当统筹安排，将规模化畜禽养殖用地纳入规划，落实养殖用地。

国家鼓励利用废弃地和荒山、荒沟、荒丘、荒滩等未利用地开展规模化、标准化畜禽养殖。

畜禽养殖用地按农用地管理，并按照国家有关规定确定生产设施用地和必要的污染防治等附属设施用地。