事业单位对基本建设投资的会计处理和报告在适用本制度的同时，还应当按照国家有关规定单独建账、单独核算。

根据财政部规定适用行业会计制度的事业单位，执行相应行业会计制度，不执行本制度;实行企业化管理的事业单位，执行企业会计准则体系，不执行本制度。

二、事业单位应当按照下列规定运用会计科目：

(一)事业单位应当按照本制度的规定设置和使用会计科目。

在不影响会计处理和编报财务报表的前提下，可以根据实际情况自行增设、减少或合并某些会计科目，以及自行设置本制度规定之外的明细科目。

(二)本制度统一规定会计科目的编号，以便于填制会计凭证、登记账簿、查阅账目，实行会计电算化管理。事业单位不得随意打乱重编。

(三)事业单位在填制会计凭证、登记会计账簿时，应当填列会计科目的名称，或者同时填列会计科目的名称和编号，不得只填列科目编号、不填列科目名称。

三、事业单位财务报告是事业单位对外提供的反映事业单位某一特定日期的财务状况和某一会计期间的运营成果、预算执行等会计信息的文件。事业单位应当按照下列规定编报财务报告：

(一)事业单位财务报告由会计报表、会计报表附注和财务情况说明书组成。会计报表和会计报表附注构成财务报表。会计报表包括资产负债表、收入支出表、财政拨款收入支出表以及有关附表。

(二)事业单位的财务报告分为年度财务报告和中期财务报告。

以短于一个完整的会计年度的期间(如季度和月度)编制的财务报告称为中期财务报告。年度财务报告是以整个会计年度为基础编制的财务报告。

(三)事业单位对外提供的财务报表的内容和格式，由本制度规定。事业单位内部管理需要的财务报表由事业单位自行规定。

(四)事业单位应当根据本制度有关财务报表的编制基础、编制依据、编制原则和方法的要求，对外提供真实、完整的财务报表。

事业单位不得违反规定，随意改变财务报表的编制基础、编制依据、编制原则和方法，不得随意改变本制度规定的财务报表有关数据的会计口径。

(五)事业单位财务报表应当根据登记完整、核对无误的账簿记录和其他有关资料编制，要做到数字真实、计算准确、内容完整、报送及时。

(六)事业单位对外提供的财务报告应当由单位负责人和主管会计工作的负责人、会计机构负责人(会计主管人员)签名并盖章;设置总会计师的单位，还应当由总会计师签名并盖章。

事业单位年度财务报告应当按照有关规定经过注册会计师审计。

四、事业单位会计机构设置、会计人员配备、会计基础工作、会计档案管理以及内部控制等，按照《中华人民共和国会计法》、《会计基础工作规范》、《会计档案管理办法》等规定执行。