二者的区别在于妨害公务罪侵犯的客体是刑法规定的四类人员的公务活动。而寻衅滋事罪侵犯的客体是公共秩序。

从客观方面看，前者主要表现为以暴力、威胁的方法阻碍国家机关工作人员、人大代表。红十字会工作人员依法执行职务，或故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，虽未使用暴力、威胁方法，但造成严重后果的行为的。而后者主要表现为肆意挑衅，无事生非，起哄闹事，进行骚扰的破坏行为。

而从主观方面看，前者是具有妨害公务的故意，而后者的故意往往表现为多种。

一、妨害公务罪的认定

1、划清妨害公务罪与人民群众抵制国家工作人员违法乱纪行为的界限。极少数国家机关工作人员，在执行公务过程中，假公济私，滥用职权，违法乱纪，损害群众的利益，引起公愤，群众对之进行抵制、斗争是应当支持、引导的。

2、划清妨害公务罪与人民群众因提出合理要求，或者对政策不理解或者态度生硬而与国家机关工作人员发生争吵、围攻顶撞、纠缠行为的界限。群众围攻、顶撞国家工作人员，通常是由于群众对国家工作人员依法宣布的某项政策、决定、措施不理解，有意见，向国家工作人员提出质问，要求说明、解释、答复、由于情绪偏激、态度不冷静、方法不得当而形成的对国家工作人员的围攻、顶撞行为。在围攻、顶撞过程中，常伴有威胁性语言和类似暴力的推擦、拉扯行为，在客观上妨害了公务。