若公司住房公积金缴纳金额高于应缴金额，该部分多出的金额是可以申请退还的。

在某些特殊情况下，例如由于单位未能及时为员工办理停止缴纳公积金的手续，或因其公积金缴存基数申报数据存在偏差导致实际缴纳金额超出应缴金额，此时单位可向公积金管理中心提出申请，要求将多缴的住房公积金从员工个人公积金账户中予以退还。

《住房公积金管理条例》第十九条

职工个人缴存的住房公积金，由所在单位每月从其工资中代扣代缴。

单位应当于每月发放职工工资之日起5日内将单位缴存的和为职工代缴的住房公积金汇缴到住房公积金专户内，由受委托银行计入职工住房公积金账户。

第二十二条

住房公积金管理中心应当为缴存住房公积金的职工发放缴存住房公积金的有效凭证。