1、第一种意见，认为法院以房屋拆迁合同纠纷（民事案件）立案是正确的。理由是，原告的起诉符合《民诉法》第108条规定之条件，有明确的被告，且有具体的诉讼请求，属法院民事案件立案的范围；

2、第二种意见，认为本案应以行政案件立案为宜。理由如下：房屋拆迁合同是指拆迁人与被拆迁人就房屋拆迁条例规定的补偿、安置等问题签订的书面协议。房屋拆迁是指因国家建设、城市改造、整顿市容和环境保护等需要，由建设单位或者个人对现存建设用地上的房屋进行拆除，对房屋所有者或使用者进行迁移安置并根据具体情况给予一定补偿的活动。

拆迁补偿的诉讼时效怎么算？

拆迁补偿诉讼时效自行政相对人知道或者应当知道作出行政行为之日起计算。我国法律规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。