根据刑事诉讼法规定，贪污贿赂犯罪，国家工作人员的渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪，由人民检察院立案侦查;对于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。

对于人民检察院直接侦查案件在侦查终结后如何处理，刑事诉讼法作了明确规定，人民检察院侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。也就是说，人民检察院侦查终结的案件，根据案件情况可以作出三种决定：一是对于犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当判处刑罚的，应当制作起诉书，作出提起公诉的决定;二是人民检察院侦查部门对在侦查中发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有刑事诉讼法第十五条规定情形之一的，应当作出撤销案件的决定;三是人民检察院审查起诉部门对在审查起诉中发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有刑事诉讼法第十五条规定情形之一的，应当作出不起诉的决定。