补充协议是否有效需要按实际情况判断，具体情况如下：

1、如果合同主体与相关权利义务的关系可以从补充协议的内容中确定，则补充合同是独立有效的合同，而不是原合同。因此，即使主合同无效或被撤销，补充协议的效力也不会受到影响；

2、补充协议内容不独立的，必须结合原合同内容确定合同主体和双方的权利义务，补充合同实际上是原合同，原合同有效，补充协议有效，原合同无效，补充协议无效；

3、补充协议与原合同的内容也可能存在矛盾或不一致。如果原合同和补充合同没有特别约定两份合同之间存在矛盾或不一致，则必须以哪份合同的内容为准，则补充协议的时间一般在后面，以补充协议为准。

法律规定，签订合同后，发现有些事项没有达成完善的协议，往往会签订补充合同。

一、补充协议和合同是一样有法律效力吗

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

二、主合同与补充合同不一致怎么处理

主合同与补充合同不一致处理的标准：

一、以具有合法性和有效性的协议为准。当主合同与补充合同不一致时：

1、应首先考虑冲突条款的合法性和有效性；

2、其中一项冲突条款因违法无效的，以另一项具有法律效力的协议为准；

3、例如，当主合同约定发生争议时，由仲裁机构管辖，补充协议约定由仲裁机构管辖，也可以向法院提起诉讼；

4、此时，补充合同的争议管辖权协议无效，仍以主合同的协议为准；

二、在所有合法性和有效性的情况下，以补充合同约定的冲突处理规则为准。例如，补充合同规定，当主合同和补充合同的条款不一致时，以补充合同为准；

三、在合法有效且补充合同未约定冲突处理规则的情况下，以最终签订的补充合同条款为准。