导致股东间发生纠纷的原因是多种多样的。有限责任公司具有资合的性质，它在成立之初就不同于人合属性的合伙制，人合因素在公司设立之时往往被忽略。另一方面，即使在公司建立之初，股东之间好似亲兄弟，但企业经营过程中，由于经营主张不同、管理方式不同、利益不同、行为方式不同等多种因素的存在，股东在强化维护自身利益的同时，往往会忽视其他股东的利益和意见，由此会造成人与人之间的隔阂。实际上，公司是社会的缩影，人与人交往必要会发生互动、摩擦，因此，从社会学立场出发，公司发生股东纠纷是必然的，而没有发生纠纷的公司，是由于存在着完善的制度对股东行为的制约、股东(董事)的个人修行以及股东利益趋同没有发生变异等因素。

由此可见，建立完善的公司制度是防止股东发生纠纷的有效手段，也是人可为之事。而通常出现的诸如股东出资纠纷、股东知情权纠纷、股权转让纠纷、损害股东利益责任纠纷、损害公司利益责任纠纷、公司解散纠纷、清算责任纠纷等等，无不是因为公司制度不健全、操作不规范、股东行为任意性而引发的。因此，在公司设立之初，股东即应慎重对待投资协议、公司章程以及公司规章制度的建立。有了完备的投资协议、公司章程以及制度规范，就可以杜绝股东随意性行为避免发生股东纠纷，同时，即使发生了纠纷，也能得到妥善解决。