无法确权的农村房屋，一般由村集体组织予以收回。具体来说对于“一户多宅”的房屋可以将旧房屋以及宅基地有偿的交还给村集体，村集体组织鼓励多占宅基地的家庭有偿的退出宅基地。对于不退出没有确权房屋的，不允许翻新修补房屋，待房屋消亡后由村集体回收。对于违规建设的房屋但符合城乡规划，在经过相关处理之后，可以予以确权登记。

农村房屋不动产证如何办理

需要提交下列材料：（一）登记申请书；（二）申请人的身份证明；（三）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；（四）申请登记房屋符合城乡规划的证明；（五）房屋测绘报告或者村民住房平面图；（六）其他必要材料。申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。农村集体经济组织申请房屋所有权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。办理流程如下：1、建房户向村委会提出建房申请2、村委会审核同意，签字盖章3、向乡、镇建办提出申请4、乡、镇建办工作人员实地勘察，同意建房5、到乡、镇建办领取房屋建设申请表6、经乡、镇建办签字同意7、乡、镇主管领导签字盖章，核实同意8、交县规划建设局审批（县行政服务＊）9、建房户领取产权证。除上述规定外，各地根据当地实际情况也有一些具体的规定，建议你到当地房屋管理部门去详细咨询一下。

《中华人民共和国土地管理法》

第七十八条

农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。