分公司应当向其机构所在地的主管税务机关，申报纳税，纳税程序是：

1、纳税登记。纳税人在生产和经营开始前，持批准开业的有效证明文件，向当地税务机关办理纳税登记；

2、纳税鉴定。税务机关对纳税人的纳税事项作出的书面鉴定；

3、纳税申报。纳税人发生纳税义务后，按规定的纳税期限，向指定的税务机关报送纳税义务发生情况的纳税申报表；

4、纳税审核。税务机关对纳税人的纳税申报情况进行审核、计算和确定应纳税额；

5、交纳税款。纳税人按照纳税期限和交纳税款期的规定，主动交纳税款。

注册分公司的简要流程

1、注册分公司。到工商局领取分公司设立登记的各种表格，包括设立登记申请表、负责人登记表、指定代表或委托代理人登记表。填好后，连同总公司有效期内的营业执照副本复印件、分公司负责人身份证复印件、公司股东会决议、任命书、房租合同、房产证复印件（带上总公司原始验资报告以及章程复印件）。大概10个工作日后可领取执照。

2、凭营业执照，到公安局指定的刻章处，去刻公章、财务章。

3、办理企业组织机构代码证。

4、办理税务登记。领取执照后，30日内到当地税务局申请领取税务登记证。

5、去银行开基本户。凭营业执照、组织机构代码证，税务登记证的正本和复印件以及总公司所有证件的复印件去银行开立基本帐号。

《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。因此分公司若办理了税务登记，则其为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。若经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳增值税。