企业在对商业秘密进行保护时主要应考虑商业秘密如何管理，保密措施如何采取等问题，具体应从以下几个方面考虑保密措施的实施：

1、确定本企业商业秘密的范围并加以分类;

2、设立或指定专门的商业秘密管理机构并确立管理人员;对于商业秘密文件进行标识并实行分级管理;

3、制定保密规章制度;

4、完善物理性保密措施。

在综合考虑上述几个方面因素的情况下，建议企业可从物质、思想、组织方面分别采取一些合理有效的保密措施。

一、保密协议的主要条款

保密协议应当具备以下必备条款：

1、劳动者与用人单位应约定商业秘密的权属和保护商业秘密的内容。关于保密的内容和范围，我国法律并没有确切规定什么内容、什么形式才算是商业秘密，一般包括技术信息、经营信息，细分下来，名目众多。企业可以采用秘密清单的方式来明确员工保密的范围和具体内容，以免就是否属于商业秘密及应否保密产生分歧。

2、应约定保密的有效期限。因为保密的期限往往会超过劳动关系存续的期限而延续到劳动者离职以后的一段时间，特别是解除劳动合同后的一段时间。

3、应约定保密的措施，如竞业禁业和在劳动关系终止前6个月，用人单位有权单方决定调动劳动者的工作岗位等。

4、应约定保守商业秘密的代价(即保密的待遇和经济补偿)。

5、应约定保密的义务和责任，以及违反保密义务的违约责任和赔偿条款。

二、什么是保密协议

保密协议，是用人单位和劳动者双方约定，就劳动者在用人单位所接触到的某些书面或口头信息，未经允许不得向任何其他第三方披露的协议。保密协议一般具有以下几个要素：商业秘密的范围和内容，如商业秘密的名称和种类；劳动者的保密责任，如应当对谁保密，该商业秘密采取了哪些保密措施；违反保密义务要承担的后果等等。