招标文件与施工合同在一般情况下权益与义务内容是一致的，但也有的由于多种因素的干扰导致招标文件与施工合同条款不一致，这时就要按照招标文件与施工合同出台的先后顺序执行，即：

招标文件在先，施工合同在后，因为招标文件，施工合同都是双方认可的，施工合同可以修改招标文件内容，故此工程结算时应当以施工合同为准。

招标文件及备案合同中黑合同具有法律效力吗

招标文件、投标文件及备案合同均没有“垫资”约定，但是“黑合同”有垫资条款的，如果“黑合同”中的“垫资”条款背离备案合同的实质性内容的，则不具有法律效力。根据法律规定，招标人和中标人不能订立背离合同实质性内容的其他协议。

根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。