农村土地确权纠纷时首先由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

农村土地确权纠纷是指当事人因土地所有权和使用权以及其他有关土地的权利归属问题发生的争议。

一、土地使用权被侵占怎么追回

土地使用权是属于个人或者的单位的财产，有凭借土地取得合法收益的权利。由于集体土地，即使是土地使用者，也是不得将土地非法转让给费本集体经济组织的成员的。土地使用权被侵占的,可以向当地县级以上人民政府土地行政主管部门进行反映。

如果是土地权属纠纷的,个人之间、个人与单位之间的争议,由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的,可以自接到处理决定通知之日起三十日内,向人民法院起诉。

二、房屋有争议不能确权怎么办

房屋有争议不能确权的，需要先处理争议，然后拿着相关资料找当地土管局申请确权。房屋有争议，当事人可协商解决；协商不成的，由人民政府处理。对处理结果有异议的。可以向法院起诉。

《土地管理法》第十四条规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

三、农村房屋纠纷归谁管

一般情况下，农村房屋纠纷归人民政府和人民法院来管。因为我国的土地管理法规定，当事人可以先针对土地所有权和使用权的争议，协商解决。协商不成的，再向人民政府请求帮助。如果属于单位争议，那么可以请求县级以上人民政府来处理。个人、个人和单位间的争议，可以其你去乡级人民政府或县级以上人民政府来处理。