一般而言,套利交易的风险较低,比较适合于风险偏好程度较低的投资者。但在实际操作中,套利交易的一些风险仍然需要投资者加以关注,主要包括以下几种。

冲击成本风险

在进行期现套利构建股票现货的组合时,可能由于股票市场的流动性不足而产生较高的冲击成本,即成交价高于（买入时）或低于（卖空时）计算套利时的股价,从而影响套利收益。实际操作中,套利者往往会对冲击成本形成一定的预估,以拓宽无套利区间。然而冲击成本的预估精确度与套利决策仍高度相关,体现为错失一些套利机会或者套利后收益为负。

跟踪误差风险

由于种种原因,期现套利所构建的股票组合通常无法完全复制标的指数成份股,从而形成一定的跟踪误差。这些原因可能包括:其一,由于沪深300指数样本较大,构建相应的股票组合需要大量的资金;其二,按照权重匹配的原则,在构建时通常会出现不满一手（100股）的股数。其三,构建股票组合时,其中某些股票涨停或停牌等,必须对组合进行调整。因此,在成本可控的前提下,应尽量提高股票组合同沪深300指数的拟合度。

资金管理风险

由于股指股票市场交易真正成为“低风险”的获利途径。