交通事故赔偿纠纷由以下两个部门来调解：

1、公安机关的调解

在诉讼前，一般由公安机关交通管理部门对损害赔偿进行调解。公安机关交通管理部门处理交通事故，应当在查明交通事故原因、认定交通事故责任、确定所造成的损失后，召集当事人对损害赔偿进行调解。公安机关交通管理部门应当按照合法、公正、自愿、及时的原则，并采取公开方式进行道路交通事故损害赔偿调解。调解时允许旁听，但是当事人要求不予公开的除外。

2、法院的调解

在附带民事诉讼中，如果双方在公安机关交通管理部门未达成调解协议或者事后反悔的，在审理期间，法院仍可就民事赔偿继续调解。

一、公安机关调解交通事故纠纷的流程是怎样的？

公安机关处理交通事故，应当在查明交通事故原因、认定交通事故责任、确定交通事故造成的损失情况后，召集当事人和有关人员对损害赔偿进行调解。

损害赔偿的调解期限为三十日，公安机关认为必要时可以延长十五日。对交通事故致伤的，调解从治疗终结或者定残之日起开始；对交通事故致死的，调解从规定的办理丧葬事宜时间结束之日起开始；对交通事故仅造成财产损失的，调解从确定损失之日起开始。

经调解达成协议的，公安机关应当制作调解书，由当事人和有关人员、调解人签名，加盖公安机关印章后即行生效。公安机关应当将调解书分别送交当事人和有关人员。调解期满后未达成协议的，公安机关应当制作调解终结书，由调解人签名，加盖公安机关印章，分别送交当事人和有关人员经调解未达成协议或者调解书生效后任何一方不履行的，公安机关不再调解，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。