一、如何合理计算借款合同违约金

如下合理计算借款合同违约金：

按照借款合同中约定的数额和方式来计算；如果合同中没有约定的，双方可以协商确立违约金的数额和计算方式，但约定的违约金不能超过实际造成的损失的百分之三十。

《民法典》第五百八十五条

【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。

二、借款合同违约纠纷的诉讼时效

借款合同诉讼时效为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

三、借款合同违约金和定金能同时申请吗

定金和违约金条款不可以同时适用。当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保；也可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，但是出现违约行为时，只能选择其中一种责任承担方式。

《民法典》第五百八十八条规定，当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，对方可以选择适用违约金或者定金条款。

定金不足以弥补一方违约造成的损失的，对方可以请求赔偿超过定金数额的损失。

《中华人民共和国民法典》：第八章　违约责任　　第五百八十五条　当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。\n　　约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。\n　　当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。