男方有案底，孩子不一定归哪一方抚养。父母双方可以协商孩子的抚养权问题，协商不成起诉到法院判决。法院要从有利于孩子成长的角度出发，仔细确认双方的情况后判决。

不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

男方有案底孩子跟女方户口可以分配吗？

父母有刑事犯罪、被法院判过刑才是能影响子女升学工作的案底。如果有案底，在考大学如果报考的是需要进行政审的学校，爸妈有案底是有影响的，但如果是升初中、高中不会有影响。就业在公务员、当兵方面有影响，政审会不合格，其他行业没影响。

《民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。