1、员工与公司纠纷的处理方式是，由公司和员工协商处理；可以申请仲裁；也可以向人民法院提起诉讼，由法院依法作出判决。如果是涉及到工资纠纷的，还可以向劳动行政部门举报。

2、法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条起诉必须符合下列条件：

(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

(二)有明确的被告；

(三)有具体的诉讼请求和事实、理由；

(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

第一百二十三条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。

书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。

第一百五十八条最高人民法院的判决、裁定，以及依法不准上诉或者超过上诉期没有上诉的判决、裁定，是发生法律效力的判决、裁定。

一、员工发生工伤事故用人单位如何处理

1、发生工伤事故后，企业单位要及时报告工伤和职业病情况，不得瞒报和漏报；其次，工伤职工或其亲属申请认定工伤和享受工伤待遇；第三，企业工会组织可以代表工伤职工提出申请。

2、报告、申诸的时间要求：从工伤事故发生之日起或职业病被确诊之日起，企业单位应在15日之内报告，工伤职工或其亲属应在15～30天之内申请。在此时间之内，报告和申请要越快越好，这有利于及时调查取证，有利于工伤职工及时享受有关待遇。

3、调查取证和认定工伤：劳动行政部门接到工伤报告和申请后，应抓紧调查取还，一般应在7日内，特殊情况下延至30日，作出是否认定工伤的结论，认定工伤以书面形式通知。调查取证材料要包括：职工申请并对有关问题进行核实；医院或医疗机构治疗工伤和职业病的诊断书及有关资料；企业的工伤报告和现场调查情况。

4、工伤争议处理：对两种争议应适用不同的程序。一是企业单位不同意工伤职工的要求时，职工或其亲属应向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。