一、犯罪嫌疑人违背意愿认罪认罚检察院怎样处理

1、经审查，犯罪嫌疑人违背意愿认罪认罚的，人民检察院可以重新开展认罪认罚工作。存在刑讯逼供等非法取证行为的，依照法律规定处理。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第二百七十一条

二、认罪认罚后可以反悔吗

犯罪嫌疑人认罪认罚后反悔是可以的。

办理认罪认罚的案件必须要确保他的认罪认罚是自愿的。对侦查过程中是否自愿认罪，他的取证过程是否合法，有没有刑讯逼供这类的违法行为，检察机关必须加强法律监督，作为重点的审查内容。

同样，检察机关起诉到法院的案件，法院在法庭上仍然是要向被告人告知诉讼权利，明确他认罪认罚的法律后果，同时重点审查他认罪的自愿性和认罪过程的合法性。如果在侦查过程中通过刑讯逼供这类的手段造成认罪的，一是要纠正违法行为，同时认罪的供述是不能作为认定犯罪的证据使用的。

检察机关根据犯罪事实和对社会危害程度以及认罪认罚的情况，依法提出从宽处罚的量刑建议，人民法院在做出判决时一般应采纳人民检察院指控的罪名和量刑建议。