在程序上，要对独资企业的资产进行评估，然后征询夫妻双方的意见，考虑其个人是否希望获得该企业。然后由取得企业一方给予另一方相应的财产性补偿；

如果是双方均主张经营该企业的，司法实践中一般会进行双方竞价作为基础，然后再由取得企业的一方给予另一方相应的补偿。这主要考虑到竞价方式的公平性和实际可操作性，防止结案之后，由于一方无法支付相应的折价款而造成执行不力。双方当事人在获得企业所有权的机会是平等的。

此外，还有一种情况。但是如果双方均不愿意经营该企业时，则在处理的时候会依照个人独资企业法的相关规定解散企业，并进行清算。清算后的独资企业财产由夫妻双方对清算所得进行分割。但是，如果进行了清算解散之后，作为个人独资企业的投资人仍然要对独资企业在经营的时候所产生的一切债务承担连带性的清偿责任。而且在时间规定上面，自企业解散后五年内，债权人仍然有权要求个人独资企业的投资人就个人的全部财产对独资企业的债务承担责任。

《民法典》第一千零八十七条【离婚时夫妻共同财产的处理】离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。

第一千零八十九条【离婚时夫妻共同债务清偿】离婚时，夫妻共同债务应当共同偿还。共同财产不足清偿或者财产归各自所有的，由双方协议清偿；协议不成的，由人民法院判决。