怀孕期间协议离婚有效。如果女方在怀孕期间提出离婚，女方不同意离婚，签订离婚协议一般无效；如果女方提出离婚，或者法院认为男方提出的请求需要受理，那么在这种情况下可以离婚，双方在怀孕期间签订的离婚协议也是有效的。根据《中华人民共和国民法典》的规定，男方不得在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内提出离婚；但是，除非女方提出离婚或者人民法院认为有必要接受男方的离婚请求。

怀孕期间协议离婚要注意什么

1、离婚协议书是集人身关系、财产关系、抚养关系为一体的综合书面约定。对于人身关系的约定，即是否同意离婚的约定，是不能用书面契约来约束的，即法律不会干涉当事人之间是否同意离婚的意思表示反复更改，但一旦当事人进行了要式登记，即办理了相关的离婚登记，法律就对离婚的事实予以确认。但如果仅仅是双方书面约定好一起办理离婚手续，但一方反悔，法律上也不会赋予另一方强制执行权，也不会授予法院有强制认可权。

2、离婚协议书中涉及的财产关系、以及意见等与人身关系的意思表示是紧密相连互为一体的，既然离婚没有成就，财产、子女的约定自然也没有生效。当事人对离婚协议中的意思表示是针对当时特定的环境背景、特定的心理状态作出的。当然，虽然离婚协议没有生效，但一旦签订有过离婚协议，其协议内容往往会成会法院根据具体案情判决的重要的参考依据。因此，不能说离婚协议没有作用。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十二条女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。