犯罪嫌疑人在检察院认罪认罚后仍会被起诉，只要是其犯罪情节严重，需要依法追究其刑事责任的，检察院会依法提起公诉，但是犯罪嫌疑人存在法定的不起诉事由除外。比如：犯罪嫌疑人犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。

一、犯罪嫌疑人死亡怎么办？

犯罪嫌疑人死亡的，就不再追究其刑事责任了。如果是已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。一般不追究其刑事责任的情形还有：

1.情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

2.犯罪已过追诉时效期限的；

3.经特赦令免除刑罚的等。

二、轻伤以上才构成犯罪

根据《公安机关办理伤害案件规定》的规定，被害人伤情构成轻伤、重伤或者死亡的，需要依照《中华人民共和国刑事诉讼法》的有关规定办理，追究犯罪嫌疑人刑事责任。但对故意伤害他人致轻伤，情节显著轻微、危害不大，或被害人伤情达不到轻伤的，不认为是犯罪的，不构成刑事案件，应当依法予以治安管理处罚。至此，故意伤害致人轻伤，会出现两种情况：一是公安机关立案侦查，证据齐全后报人民检察院提起公诉，最后经法院审判。一旦公安机关予以立案侦查，进入诉讼程序，意味着，国家公权力的介入，意味着国家对于违法犯罪的行为追究刑事责任。二是故意伤害他人致轻伤，但情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，不构成刑事案件，只依法给予治安管理处罚。

三、检察院不起诉的法律规定

今天我来向大家介绍一下检察院不起诉的相关法律规定：我国关于不起诉的规定又分为法定不起诉、酌定不起诉及证据不足不起诉。一、法定不起诉又称绝对不起诉，适用于以下六种情形：(1)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的(2)犯罪已过追诉时效不予起诉，这是近代世界刑事诉讼法普遍适用的原则。(3)经特赦令免除刑罚的特赦是全国人大常委会根据中共中央或国务院的建议，经过审议决定，由最高人民法院和高级人民法院执行。(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，对于这些案件，如果被害人及其他有告诉权的人不提出告诉，或者提出告诉后又撤回告诉的，人民检察院依法作不起诉处理。(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的犯罪嫌疑人、被告人死亡的，意味着失去了追究刑事责任的对象，追究其刑事责任已没有任何实际意义(6)其他法律规定免予追究刑事责任的。这是第一大点中的六点，第二大点是二、酌定不起诉又称相对不起诉。是指对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。