1999年，市政府出台了《深化房改综合配套改革政策》，自2000年开始实施，标志着上海住房制度改革进入全面建立与社会主义市场经济相适应的新住房制度的转折阶段：一是进一步推进公房销售。通过加强房屋销售政策的咨询和宣传，简化房屋销售的操作程序，查处产权单位的“惜售”行为，研究解决房屋销售中反映的政策问题，促进公房销售，满足住房需求居民购买要求。据统计，全年共销售公房55.98万套，建筑面积2975.04万平方米，形成1994年以来的第二次购房高潮。截至目前，全市共销售公房136.4万套，7100万平方米，占可售公房总量的75%以上，大大提高了职工住房的自住率。二是稳步推进公共住房租金改革。调整幅度要根据区位和类型合理控制，兼顾居民综合承受能力和劳动者收入水平。2000年，只调整了成套公房的租金。A区和B区的租金增长率分别为25%和15%。租金上涨后，上海每平方米使用面积月平均租金为2.10元，降低了租售比，促进了公房销售。三是开展廉租房试点。制定《上海市城镇廉租住房试行办法》配套政策，在长宁区、闸北区开展试点，积极探索适应改革发展、稳定大局的最低收入家庭住房保障制度，符合上海的实际。年底前，两区已完成廉租房分配前的廉租房对象调查、资金测算、登记公告等基础工作。四是深化住房分配制度改革。同时，根据住房分配制度改革方案和配套实施办法，在闵行区、奉贤县和市人事局进行了“闲置”试点。