合同生效后有异议的，如果是对部分条款有异议的，当事人之间可以协商一致，进行更改；或者订立补充协议来补充。如果是对合同的效力有异议的，也可以向法院起诉解决。

二、合同与补充协议的区别

合同和补充协议的区别是：已经存在的合同是主合同，补充协议是从合同。补充协议的内容应当是主合同的非主要内容，也可以说是非主要条款。如果是主合同的主要条款没有约定或者约定不明确的，主合同不成立，也就不存在“协议补充”。《中华人民共和国民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。第四百六十四条规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。

三、协议部分条款无效会导致整个无效吗

通常情况下部分条款无效不会导致整个协议无效。

一般经过双方协商一致后，合同更改后仍可继续完全生效。如协商不一致，则仅部分条款无效。

部分条款可以作为相对独立的组成部分，其无效后有法律规定的按照法律规定履行，没有法律规定的按照行业惯例履行。

但是三个例外情况如下：

1、部分条款违反了国家安全，或泄露国家机密等等的话，合同无效。

2、部分条款属于合同八个主要条款如当事人姓名住所、标的数量质量等之一。

3、合同订立时，当事人一方被胁迫，在非自愿情况下签订合同的。符合以上三点，合同自始无效。