1、备案合同与小本合同的区别主要在于法律适用不同，以及签订情况不同等。

2、一般是以备案合同为准;如果是合同两方有意调整，在不违背原则的基础上，两方另签订合同谈判明确。

一、协议合同区别

1、双方的意思都表示一致而达成的一种契约。达成一致的这个事项就是协议，在法律上就叫合同。2、一般来说，生效的合同和协议法律效力是等同的，除非没有生效或因为一些条件而失效，3、需要公证的合同或协议只是把合同或协议的效力固定并强化，如果法律没有要求，合同，协议的当事人也没有约定，是不需要特别的公证的。4、合同或协议一般只是名称，叫法的不同。只要不违反法律和道德风俗，当事人可以任意约定合同或协议的名称，内容，形式，都是有效的。5、所谓协议是指有关国家、政党、企业、事业单位、社会团体或者个人，在平等协商的基础上订立的一种具有政治、经济或其他关系的契约。6、合同的特点是明确、详细、具体，并规定有违约责任；而协议的特点是没有具体标的、简单、概括、原则，不涉及违约责任。从其区别角度来说，协议是签订合同的基础，合同又是协议的具体化。