指定管辖，是指上级人民法院以裁定方式，指定下级人民法院对某一案件行使管辖权。由于刑事诉讼法及相关的司法解释只规定了立案管辖和审判管辖，实践中对于管辖有异议后指定管辖的案件，一般有两种处理方法：一是在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉；二是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市某基层法院管辖，并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。

职务犯罪案件指定管辖的现状

职务犯罪的重要特点就是犯罪行为与其职务密切相关，而职务又以一定机关为依托，因此工作单位所在地就成为地区管辖的重要参照物，故《人民检察院刑事诉讼规则》第十五条规定：国家工作人员职务犯罪案件，由犯罪嫌疑人工作单位所在地人民检察院管辖；如果由其他人民检察院管辖更为适宜的，可以由其他人民检察院管辖。这一立案侦查模式虽然有利于开展侦查工作，但随着近些年反腐斗争形势的严峻，办案工作日益受到犯罪嫌疑人关系网的干扰，给案件的查处带来很大阻力。为了保证刑事诉讼的顺利进行，克服和排除各种非法干扰因素，目前检察机关主要采取两种措施应对，一是整合侦查资源，不再局限于当地职务犯罪案件由当地检察机关的侦查人员查办，主要是地市级检察院（有时是高检、省检）对所辖区域内的侦查人员统一调配使用；二是通过指定侦查管辖的形式，由不具有管辖权的异地检察机关立案侦查案件。当前，由上级检察院将案件指定给异地检察院查处的情况日渐普遍，但也出现了一些亟待解决的问题。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十七条上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。