债务大于注册资金这部分欠款一般是公司以其独立法人财产承担。有限责任公司的债务，要用公司的全部财产来还债，股东一般不承担清偿责任，如果是损害债权人利益的股东或者是一人有限责任公司里公司财产跟个人财产混同的股东，就要对公司债务负责了。

债务欠款纠纷怎么处理

债务欠款纠纷处理的方式有以下几种：

1、债权人可以与债务人进行协商，协商一致的，债务人偿还债务；

2、可向所在地的人民调解委员会提出书面调解申请；

3、调解不成的，可以向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条规定，起诉必须符合下列条件：

（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

（二）有明确的被告；

（三）有具体的诉讼请求、事实和理由；

（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

《中华人民共和国公司法》第三条公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。