根据土地登记规则第54条、第55条、第56条的规定，县级以上人民政府依法收回国有土地使用权的，土地管理部门在收回土地使用权的同时，办理国有土地使用权注销登记，注销土地证书。国有土地使用权出让或者租赁期满，未申请续期或者续期申请未获批准的，原土地使用者应当在期满之日前十五日内，持原土地证书申请国有土地使用权注销登记。因自然灾害等造成土地权利灭失的，原土地使用者或者土地所有者应当持原土地证书及有关证明材料，申请土地使用权或者土地所有权注销登记。考虑到出让人全面掌握建设用地使用权消灭的情形，所以，本条规定注销登记由出让人及时办理。建设用地使用权注销后，登记机构应当收回建设用地使用权证书。

建设用地使用权注销登记由出让人及时办理。《土地登记规则》县级以上人民政府依法收回国有土地使用权、国有土地使用权出让或者租赁期满，未申请续期或者续期申请未获批准的、因自然灾害等造成土地权利灭失的，由出让人办理建设用地使用权注销登记，登记机构应当收回建设用地使用权证书。

办理所需材料及办理流程：

不动产登记申请表；申请人身份证明材料；委托代理人身份证明；授权委托书、抵押权人、地役权人、预告登记权利人或查封机关同意注销的书面文件；收回国有土地补偿协议或相关补偿证明材料；原土地证书、不动产权证书。

办理流程：受理：受理登记申请；收费：对要办理的登记收取费用送达：短信告知结果及取证；通知申请人到窗口领取办理结果或快递送达。