税收是立国之本，没有政府不重视税收的，而公司是现今的纳税大户，大大小小公司缴纳税款的金额惊人。但任何事情都不可能总是一帆风顺的，收税同样也会出现争议，出现纠纷的。因此，政府税务机关与公司之间怎样处理税收争议尤为重要。

现实生活中，国家对税收有多重视是无需多言的，对税务机关与公司之间出现争议该怎样处理，早已经在法律上作出了明确的规定。

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十八条规定：

纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。

当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。

当事人对税务机关的处罚决定逾期不申请行政复议也不向人民法院起诉、又不履行的，作出处罚决定的税务机关可以采取本法第四十条规定的强制执行措施，或者申请人民法院强制执行。

由此可见，当公司与税务机关在纳税上发生争议的，可以按照以下方式进行处理：

1、公司不服税务机关征税决定的，如认为收税错误、没有按时退税、少退税等等，都要先按照税务机关的决定执行，该交税的缴税，能拿多少退税的先拿多少退税。

2、在公司按照税务机关的决定处理税款问题后，可以收集证据资料向上级税务机关申请行政复议，通过上级税务机关纠正征税问题，维护自身合法权益。但行政复议的结果，不是都对公司（当事人）有利的，也可能维持原税务机关的处理决定。

3、当公司对行政复议结果不服的，可以收集证据资料，委托律师到法院提起诉讼，通过法律途径维权。

当然了，法院诉讼只是最后的选择，只有带协商、行政复议都无效果的时候，才会考虑使用的维权手段。所以倘若因为公司税收与税务机关发生争议的，最好先咨询专业公司法律师后，结合税务机关的反馈及专业律师的法律意见，决定采取最合适的维权方案。