一、如何处理公司恶意扣减绩效的问题和对策

1．员工首先应该与所在公司协商处理。凡是公司克扣员工工资的，克扣员工工资的公司应有说明克扣员工工资的正当理由，并且克扣行为应该有之所依据的相关的规章制度。

2．如果是协商不成的话，那么劳动者自己可以到当地的劳动监察大队投诉，要求协助处理解决。这种方法有一个优点就是方式简单，但是也存在本身的缺点，即是各地执法力度可能不是很大。

3．如果找到了当地的劳动监察局投诉无果、仍未解决的，接下来就可以当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）递交申请，请求劳动仲裁机构来出面处理解决，要求公司支付工资。

4．如果劳动仲裁生效，这个时候，公司还是依然拒绝执行并拒绝支付员工工资的，员工便可以再一次向劳动仲裁机构申请，请求法院强制公司执行员工工资的全额支付。

二、公司恶意扣减绩效员工申请劳动仲裁的流程是什么

1．劳动保障当事人提出仲裁的，应当从劳动争议发生之日起一年内仲裁委员会提出书面申请。

2．仲裁委员会应当自收到申诉之日起五日内作出受理或不受理的决定。受理的，应当由作出决定之日起五日内，将申请书副本送达被申请人，并组成仲裁庭，决定不予受理的，应当书面作出不予受理通知，说明不予受理的理由。被申请人应当自收到申请书副本之日起十日内提交答辩书及相关证据。被诉人没有按时提交或不提交答辩书的，不影响案件审理。

3．仲裁庭应当于开庭五日前，将开庭时间、地点的书面通知送达当事人。当事人收到书面通知，无正当理由，拒不到庭或者未经仲裁庭同意，中途退庭的，对申请人按撤诉处理，被申请人可以缺席裁决。

4．仲裁庭处理劳动争议案件，应当自组成仲裁庭之日起四十五日内结案，案情复杂确需延期的，经报仲裁委员会批准，可以适当延期，但不得超过十五日。

5．仲裁庭处理劳动争议应先行调解，调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力。

6．当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起十五日内，可以向人民法院起诉，期满不起诉的，裁决书即发生法律效力。

7．当事人对发生法律效力的调解书和裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方可以申请人民法院强制执行。

三、公司恶意扣减绩效申请仲裁的申请书怎么写

1．申请人姓名、职业、住址、工作单位，企业的名称、地址，法定代表人的姓名、职务；

2．被申请人的情况；

3．申请请求和事实根据；

4．委托代理人的资格及代理权限；

5．申请日期等。