申请合同纠纷仲裁，首先应向仲裁委员会提交仲裁申请书写明相关内容，仲裁委员会在收到仲裁申请书之日起五日内作出受理或者不予受理的决定，如果决定立案的，自作出决定之日起，五日之内会向申请人和对方发出相关的书面通知，同时将申请书副本送达对方，并要求其十五日内提交答辩书和证据。在仲裁开始前会先进行调解，调解无果即进行仲裁。

仲裁之后需要作出仲裁裁决，仲裁裁决必须于案件审理终结之日起45天内以书面形式做出，仲裁裁决除由于调解达成和解而作出的裁决书外，应说明裁决所依据的理由，并写明裁决是终局的和作出裁决书的日期地点，以及仲裁员的姓名等。

以上就是合同纠纷的仲裁程序。

《中华人民共和国仲裁法》第二十二条规定

《劳动争议调解仲裁法》

第二十七条劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。

因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。