一、个体户与有限公司最根本的区别在于他们承担的财产责任不同，个体户承担财产的无限责任，有限公司承担财产的有限责任，就工商管理费来说还是个体户好，因为个体户的工商管理费政府已经宣布停止征收了，而有限公司还要缴纳的，不过工商管理费一年几百元，不多就是了。

二、税收区别在个体户收营业税(按月营业额的4%到6%)月营业额低于五千元不收，利润按个人所得税征收，有限公司在营业税方面一样，在所得税方面不一样，征收企业所得税，税率比较高(24%到33%)。

三、个体户不能直接开发票，要到当地税务所代开，有限公司在进行小额纳税人登记以后可以自己开发票。

四、个体户可以和公司签订商务合同。公司可以将款汇入个体户的银行账户。

五、公司章程不同，个体工商户注册登记时无需公司章程，而有限责任公司注册时则需要公司章程。

法律依据：

《个体工商户建账管理暂行办法》(国家税务总局令2006年第17号)