一、历史遗留税务问题

在股权收购的情形下，被收购公司的所有历史遗留税务问题都将被新股东承继，实务中，可能存在的历史遗留税务问题通常包括：假发票、纳税申报不合规、偷税、欠缴税款等。

二、税务架构不合理引起的风险

尤其对于跨境并购而言，公司架构税务筹划非常重要，由于不同国家（地区）之间适用不同的税收政策，并购架构会引发迥异的税负差异。

三、交易方式缺少税务规划的风险

并购重组交易方式，可归纳为股权收购和资产收购两种，其中，股权交易被收购公司的税务风险将会由新股东承继，资产交易则不会。同时，选择资产交易将面临动产及不动产产权变动而带来的增值税、营业税以及土地增值税等税负。相比较而言，股权交易一般不需要缴纳流转税以及土地增值税。

四、未按规定申报纳税引起的风险

近年来，资本交易一直是国家税务总局稽查的重点，包括对收入项目和扣除项目的检查。与此同时，针对间接股权转让发起的反避税调查也越来越频繁，涉案金额巨大案件频出。近日，国家税务总局下发《关于加强股权转让企业所得税征管工作的通知》（税总函［2014］318号），通知中提出了“对股权转让实施链条式动态管理”“实行专家团队集中式管理”“加强信息化建设”等做法，文化企业在并购重组中，股权转让税务合规性风险会继续提高。

五、特殊性税务处理不合规引起的风险

特殊性税务处理可以实现递延纳税的效果，节约现金流。按规定，企业并购重组适用特殊性税务处理要满足“没有避税的目的”“收购资产或股权要大于75％”“股权支付额不低于整个交易的85％”等5个方面的条件，同时，符合条件的企业需要到税务机关进行备案。实务中，有的企业符合上述五大条件，但没有备案，后续也未做纳税申报，这种情况被税务局发现会认定为偷税。近期，国务院颁发的《关于进一步优化企业兼并重组市场环境的意见》（国发［2014］14号）提出：“降低收购股权（资产）占被收购企业全部股权（资产）的比例限制，扩大特殊性税务处理政策的适用范围”，对于计划并购重组的文化企业，这一政策有望使更多并购重组文化企业适用特殊性税务处理。

六、间接股权转让被纳税调整的风险

近几年，国家税务总局国际司针对间接股权转让的纳税调整案件越来越多，最为常见的情形为境外公司通过转让香港控股“空壳”公司的股权转让内地子公司的股权。根据国家税务总局《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函［2009］698号），在非居民企业通过转让一家非居民中间控股公司的股权而间接转让其中国居民公司股权的情形下，如果该中间控股公司的存在仅仅为规避纳税义务而缺乏商业实质，中国税务机关可以运用一般反避税原则来否定该中间控股公司的存在。