住院花了3万新农合报销如下：1、乡镇级住院报销起付线200元，3万会报销25500；2、县级定点医疗机构住院报销起付线500元，3万会报销27000；3、市级定点医疗机构住院报销起付线700元，3万会报销16500；4、省级定点医疗机构住院报销起付线是1000元，3万会报销15000。

《中华人民共和国社会保险法》第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。第八条社会保险经办机构提供社会保险服务，负责社会保险登记、个人权益记录、社会保险待遇支付等工作。