第三方审计不认可可以起诉。如果审计公司审的不合理，可以提出跟换审计公司，没有合情合理的审计依据，当事人可以进行起诉。根据相关法律规定，被审计单位对审计机关作出的有关财务收支的审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。被审计单位对审计机关作出的有关财政收支的审计决定不服的，可以提请审计机关的本级人民政府裁决，本级人民政府的裁决为最终决定。

工程决算第三方审计出的问题如何解决

这要看是那类问题，如果是工程质量问题，那就要责成项目监理单位讲清楚他们是如何进行监理的，由施工单位进行返修或对问题严重的部分进行拆除，重新按设计图纸进行施工，同时要对项目监理单位和项目施工单位进行必要的通报批评，对责任人要给与处罚；如果是资金方面出现问题，要认真进行审计和查账，找出原因，如果是贪污、挪用那就要向检察员或法院起诉，进行法律惩处，并要追回资金；如果是项目概算不够，原材料涨价引起，那就需要及时进行追加。

《中华人民共和国审计法》第四十八条被审计单位对审计机关作出的有关财务收支的审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。被审计单位对审计机关作出的有关财政收支的审计决定不服的，可以提请审计机关的本级人民政府裁决，本级人民政府的裁决为最终决定。