一、行政机关能否主动变更行政许可申请

根据《中华人民共和国行政许可法》

第八条：公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可，行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿

第六十九、第七十条规定：行政许可可以撤消和注销的几种情况及限制条件，并确立了行政机关由于撤消行政许可给相对人造成损害的赔偿责任。

二、人民法院可以变更行政许可吗？

依据我国行政诉讼法的规定，一般情况下，人民法院的判决不能直接变更具体行政行为。对于违法的具体行政行为，由法院判决撤销，原具体行政行为被撤销后行政机关可以重新作出具体行政行为；

对于合法的具体行政行为，人民法院判决维持，驳回原告的诉讼请求。这是一种非此即彼、非黑即白的选择。

但是，如果对于违法的具体行政行为一律判决撤销后再由行政机关重新作出具体行政行政行为，对新的具体行政行为不服的，公民、法人或者其他组织要再次提起诉讼，由此导致循环诉讼、多次诉讼等现象，极为不利于保护公民、法人或者其他组织的合法权益。

所以，我国行政诉讼法规定在显失公正的情况下，法院可以直接作出变更原具体行政行为的判决。

《中华人民共和国行政诉讼法》第54条第4款规定：行政处罚显失公正的，可以判决变更。简言之，变更判决是法院应原告的诉讼请求，直接以具有实际权利义务内容的司法判断代替了原来的行政行为。

法律之所以规定在显失公正的情况下，法院可以作出变更具体行政行为的判决，目的是为了更直接、更充分地保护公民、法人或者其他组织的权利。