1、电子印章的申请使用电子印章的组织（或个人）首先需要到电子印章（管理）中心（平台）申请电子印章，在履行完正常手续并确认无误、合法的情况下，为申请者制作电子印章，并将制作好的电子印章导入特定的存储介质，如ＵＳＢ－Ｋｅｙ或ＩＣ卡等，并提交给申请者。

2、电子印章客户端系统

电子印章产品提供商给用户提供电子印章的同时，还会提供一套电子印章客户端系统。这套系统应该安装在电子印章保管者所使用的终端电脑中。电子印章客户端系统的主要作用就是用于进行盖章、验章以及电子印章管理等功能。

3、电子印章的使用

电子印章的使用和传统印章的使用方式基本相同。如上所述，首先需要有一台专用的电子印章客户端系统，该系统由电子印章管理平台（电子印章中心）提供并安装在特定的电脑终端上。接下来的步骤一般是：

（1）得到有关主管领导的批准。

（2）将存有电子印章的实体（如ＵＳＢＫｅｙ）插入电脑终端的ＵＳＢ接口。

（3）启动电子印章客户端系统。

（4）读入需要加盖电子印章的电子文书。

（5）在电子文书中需要盖电子印章的地方点击菜单上的‘盖章’功能按钮。

（6）系统提示输入印章实体的ｐｉｎ码。

（7）输入正确的电子印章使用ｐｉｎ码，则该文书就被盖上电子印章了。

4、电子印章的验证

验证带有电子印章的电子文书时，也需要装有电子印章客户端系统的终端电脑。当带有电子印章的电子文书被打开后，电子印章客户端系统会自动验证该电子文书的电子印章是否有效。如果电子文书被非授权修改过，或电子印章是被复制粘贴在当前的电子文书上的，则电子印章客户端系统能够发现并立即警告用户电子文书已被修改过或电子文书上所加盖的是无效电子印章，且使得电子印章不能正常显示，从而达到了保护电子文书的完整性以及检验电子印章和特定的电子文书必须是相关联的目的。

5、电子印章遗失

若发生电子印章遗失事件，应立即到电子印章平台（中心）进行挂失，其过程与证书作废处理方式基本相似。