1、股权转让协议在违背双方的真实意思表示、恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的情况下，协议的效力是有瑕疵的。根据相关法律规定，股权变更需要进行变更登记。

2、法律依据：《公司法》

第七十一条有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。

第一百三十九条记名股票，由股东以背书方式或者法律、行政法规规定的其他方式转让；转让后由公司将受让人的姓名或者名称及住所记载于股东名册。

股东大会召开前二十日内或者公司决定分配股利的基准日前五日内，不得进行前款规定的股东名册的变更登记。但是，法律对上市公司股东名册变更登记另有规定的，从其规定。

一、股东会的职权有哪些

股东大会行使下列职权：

1、决定公司的经营方针和投资计划。

2、选举和更换非由职工代表担任的董事，决定有关董事的报酬。

3、选举和更换由股东代表出任的监事，决定有关监事的报酬事项。

4、审议批准董事会的报告。

5、审议批准监事会的报告。

6、审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案。

7、审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案。

8、对公司增加或者减少注册资本做出决议。

9、对公司发行债券做出决议。

10、对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式等事项做出决议。

11、修改公司章程，以及公司章程规定需由股东大会决定的事项。