通行费专用发票不能抵扣。电子发票才可以抵扣。收费公路通行费增值税电子普通发票，简称通行费电子发票，目的是推进物流业降本增效、提升车主的收费公路服务水平。目前全国已经取消了高速公路省界收费站，工作已转入联调联试阶段，电子发票即将大面积地取代纸质的发票。但是这并不意味着，纸质发票不可以再使用。

公路通行费发票能不能抵扣进项税

目前对于道路通行费，取得纸质发票（非电子发票）不能抵扣进项税额；取得电子发票，可以按照发票上注明的税额抵扣进项税额。纳税人支付的一级、二级公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣进项税额

《中华人民共和国发票管理办法》第二十四条任何单位和个人应当按照发票管理规定使用发票，不得有下列行为：

（一）转借、转让、介绍他人转让发票、发票监制章和发票防伪专用品；

（二）知道或者应当知道是私自印制、伪造、变造、非法取得或者废止的发票而受让、开具、存放、携带、邮寄、运输；

（三）拆本使用发票。